補齲洞需要做兩個方面的工作：一方面是去齲備洞，另一方面是消毒充填。補齲洞消毒的主要目的是殺滅細菌，以防止進一步齲壞。由於被保留的牙本質內還有細菌殘存，備洞時不可能將這些細菌去除乾淨。使用滲透性好的藥物， 將牙本質內的殘存細菌徹底殺滅，便可防止齲壞的進一步發展。
常用齲洞消毒的藥物如下：
①麝香草酚：消毒力強，在牙本質中滲透性較大，對牙髓刺激輕微，具有輕度止痛作用，是較理想的齲洞消毒藥。0.003％麝香草酚溶液可抑制化膿性細菌生長。
②樟腦酚：消毒力弱，但滲透性較強。
③丁香油酚：具有消毒、止痛作用，但消毒能力較弱。
④硝酸銀：是強消毒劑和腐蝕劑。10％的硝酸銀溶液用於淺齲窩洞消毒，不適宜作深齲洞的消毒。0.1％的硝酸銀溶液可殺滅多種細菌；0.01％的硝酸銀溶液能抑制細菌生長。由於硝酸銀刺激性很大，使用不當時會損傷牙髓，故使用時需加註意。
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